มาสค์ไรเดอร์เก็นมุ สมาร์ทเบรน และไครซิส 1,000%

หลังจากหายจากอาการป่วยจากการเล่นเกมแล้ว ไก อามัตสึก็ใช้คีย์ของประธานาธิบดีเพื่อให้ฮูมาเกียร์เรียนรู้หน้าที่ของประธานบริษัทเก็นม์เพื่อจุดประสงค์บางอย่าง ตามที่คาดไว้ ไวรัสบั๊กสเตอร์ของคุโรโตะ ดันได้แพร่ระบาดไปยังฮูมาเกียร์ และคุโรโตะ ดันก็ฟื้นขึ้นมา ไกพยายามบอกคุโรโตะถึงจุดประสงค์ในการฟื้นคืนชีพของเขา แต่คุโรโตะกลับไม่ยอมฟังเขาเลย เพื่อให้บรรลุเป้าหมาย ไกจึงได้ไดรเวอร์ใหม่...